В 1996 году на базе Санкт-Петербургского технического университета состоялась международная конференция «Дифференциальные уравнения и их применение». По инициативе председателя оргкомитета проф. Г.С. Осипенко было принято решение об организации электронного журнала «Дифференциальные уравнения и процессы управления». В те годы Россия переживала очень трудные времена. Финансирование научных исследований практически прекратилось, закрывались многие научные журналы, издательство которых требовало существенных средств.
В то же время внедрялась новая для России система финансирования науки через гранты. В частности, проводимая конференция финансировалась Российским фондом фундаментальных исследований. Международная информационная система INTERNET достигла существенного уровня развития, который обеспечивал эффективное существование электронных изданий и электронных библиотек. Стало ясно, что электронные публикации обладают рядом существенных преимуществ перед традиционными “твердыми” изданиями. Это, прежде всего, экономичность, отсутствие жестких ограничений на объем, оперативность и широчайшее распространение. Кроме того, электронная версия легко реализуется также и в твердой (традиционной) форме публикации. Таким образом, сама жизнь подталкивала к созданию системы электронных публикаций. Однако значительная часть научного сообщества относилась скептически к электронным публикациям, считая их не совсем полноценными. В то время Высшая Аттестационная Комиссия старательно уходила от принятия решения по статусу таких публикаций , занимая позицию «Если будет запрос специализированных советов, будем принимать решение». В такой ситуации советы по защите диссертаций начали принимать электронные публикации. Системы регистрации электронных изданий не было и не было ясно, как вообще такие издания регистрировать. Так, журнал «Дифференциальные уравнения и процессы управления» был зарегистрирован как обычный (твердый) журнал с областью распространения Петербург и Ленинградская область. Инициатива создания электронного журнала «Диф-ференциальные уравнения и процессы управления» получила поддержку многих российских ученых. Санкт-Петербургский технический университет взял на себя обязанность учредителя, были выделены материальные и технические средства и в марте 1997 года журнал был зарегистрирован (рег.№ П23275 от 07.03.97).
Целью журнала являлась публикация результатов теоретических исследований и их различных приложений, сообщений о программных разработках по тематике журнала; научно-методических разработок в области высшего образования; информации о научных и образовательных мероприятиях, информации о книгах и другой печатной продукции. Имелся учебно-методический раздел, раздел дистанционного обучения и молодежный раздел для публикации курсовых и дипломных работ. Журнал публиковал статьи, обзоры, лекции и курсы лекций, монографии, диссертации и их авторефераты, а также другие работы с подробным изложением результатов, доказательств и примеров. Все публикации журнала проходили рецензирование. Таким образом, журнал заявил о себе как о центре ис-следований и образования в области теоретической и прикладной математики. При организации журнала было принято решение, что журнал должен иметь свободный и бесплатный доступ в сети Internet, а авторы сохраняют за собой право использовать опубликованный материал по своему усмотрению, что давало им право рассматривать данную публикацию как предварительную. Такие демократические принципы позволили создать широкую сеть пользователей и авторов журнала.
Ученый совет Политехнического университета как учредитель определял направления развития и кадровый исполнительный состав. Издательскую и редакционную политику журнала определяли издательский совет и редакционная коллегия, в которые вошли ведущие специалисты России по тематике журнала, в их числе три академика и четыре члена-корреспондента РАН. Большую работу по организации редакции и становления журнала провели проф. Н.Х.Розов (Московский университет), член-корреспондент РАН В.А.Плисс (Петербургский университет) и проф. А.Г.Ченцов (Уральский институт математики). Главный редактор проф. Г. С. Осипенко и его заместитель проф. О.Ю. Кульчицкий работали исключительно на энтузиазме. Так как журнал не имел своего помещения, то он готовился в «домашних условиях». Был создан дизайн сайта, разработаны правила для авторов. Существенную работу по созданию сайта провела Л. Линчук.
Впоследствии дизайн журнала менялся несколько раз. Современный вид журнал приобрел в 2004 году и основную работу в этом направлении осуществили Н.Б. Ампилова и Е.И. Петренко. От первоначального дизайна остался только логотип, который придумал главный редактор. Физически журнал был размещен на сервере центрального института робототехники (ЦНИИРТК) и имел адрес http://www.neva.ru/journal/.
В период становления журнала его материально-техническая база создавалась в основном за счет грантов. Так, в 1997-1998 году РФФИ выделил грант 97-07-90088 для информационной системы «Дифференциальные уравнения и динамические системы» (координатор проекта Г.С. Осипенко) и журнал являлся частью этого проекта. В 1996-1998 годах журнал получил поддержку по программе INTAS, грант «Европейская математическая сеть» (EMNet/NIS), координатор проекта Flemming Topsoe, Дания. В 2000 год журнал получил поддержку по проекту «Электронные библиотеки». В этом же году Политехнический университет оказал финансовую поддержку, что позволило уверенно работать на постоянной основе. В год выходило четыре номера, и в каждом номере было не менее трех статей.
Журнал являлся центром по организации и проведению международных конференций «Дифференциальные уравнения и их применения» и «Средства математического моделирования». Всего было проведено семь конференций, материалы которых были опубликованы в журнале и изданы как периодическое печатное издание «Математические исследования» в шести томах. Журнал вошел во многие базы данных по математике, статьи стали реферироваться в реферативных журналах Mathematical Reviews и Zentralblatt für Mathematik. География авторов включала не только республики бывшего Советского Союза, но многие другие страны: Германию, Швецию, Италию, Румынию, Турцию, Индию, Японию, ЮАР, Свазиленд, Оман, Тринидад и Тобаго. Журнал приобрел международный авторитет. В 2005 году журнал получил индекс международного периодического издания ISSN: 1817-2172.
В то же время в Политехническом университете сократилось число ученых, связанных и непосредственно заинтересованных в научных исследованиях по тематике журнала. В связи с этим главным редактором Г.С. Осипенко была проделана значительная работа по сохранению журнала. В 2008 году по решению декана математико-механического факультета Санкт-Петербургского Государственного университета Г. А. Леонова и при поддержке член-корреспондента РАН В.А. Плисса было создано зеркало журнала на сервере факультета. Большую работу в этом направлении провели Н. Б. Ампилова и Е. И. Петренко. В 2009 Г.С. Осипенко перешел на другую работу. В апреле 2010 году журнал меняет учредителя и получает новый регистрационный номер Эл. № ФС77-39410. С этого момента учредителем журнала является Санкт-Петербургский государственный университет, главный редактор — член-корреспондент РАН Г.А. Леонов.
Началась новая история журнала. С января 2010 года статьи на английском языке включаются в базу данных EBSCO. В 2011 году главный редактор журнала “Дифференциальные уравнения”/”Differential equations” академик В. А. Ильин и издательство МАИК предложили Г. А. Леонову отбирать лучшие работы за год из журнала “Дифференциальные уравнения и процессы управления” для их перевода на английский язык и издания в дополнительном выпуске журнала “Differential equations” (annual issue № 13, Guest editor G.A. Leonov).
Эти публикации распространяются компанией Springer (http://www.springer.com/mathematics/dynamical+systems/journal/10625) и индексируются в Scopus и Web of Science.
2011 - http://link.springer.com/journal/10625/47/13/page/1
2012 - http://link.springer.com/journal/10625/48/13/page/1
2013 - http://link.springer.com/journal/10625/49/13/page/1
2014 - http://link.springer.com/journal/10625/50/13/page/1
2015 - http://link.springer.com/journal/10625/51/13/page/1
2016 - http://link.springer.com/journal/10625/52/13/page/1
2017 - http://link.springer.com/journal/10625/53/13/page/1
В 2017 договор с издательством МАИК завершается.
В 2018 в связи с кончиной Г.А. Леонова главным редактором журнала становится Николай Владимирович Кузнецов.
Журнал индексируется в базах РИНЦ, EBSCO, SCOPUS.